保防科掌理事項如下： 一、機關保防工作之規劃、督導及執行。 二、社會保防工作之規劃、督導及執行。 三、國家安全偵防工作之規劃、督導及執行。 四、社會治安調查（含走私、偷渡）工作之規劃、督導、蒐集及處理。 五、社會治安與特種勤務情報諮詢布置工作之規劃、督導及執行。 六、特種勤務危安目標情報作業之規劃、督導及執行。 七、港口遭受劫持或破壞初期應變及演習之規劃、督導。 八、港區治安維護及檢管之規劃、督導。 九、其他有關保防安全工作事項。