本局設下列科、中心、室、大隊： 一、預防科，分三股辦事。 二、偵查科，分四股辦事。 三、反黑科，分二股辦事。 四、司法科，分二股辦事。 五、理化科，分六股辦事。 六、指紋科，分三股辦事。 七、生物科，分三股辦事。 八、紀錄科，分二股辦事。 九、國際刑警科，分二股、二隊辦事。 十、後勤科，分二股辦事。 十一、科技研發科，分三股辦事。 十二、刑事資訊科，分四股辦事。 十三、通訊監察科，分四股辦事。 十四、兩岸科，分二股辦事。 十五、經濟科，分二股辦事。 十六、督訓科，分二股、一隊辦事。 十七、偵防犯罪指揮中心，分二股辦事。 十八、毒品查緝中心。 十九、科技犯罪防制中心，分二股、一隊辦事。 二十、刑事鑑識中心，分二股辦事。 二十一、詐欺犯罪防制中心，分三股、二隊辦事。 二十二、公共關係室。 二十三、秘書室，分三股辦事。 二十四、人事室，分三股辦事。 二十五、政風室。 二十六、主計室，分三股辦事。 二十七、偵查第一大隊至偵查第九大隊、電信偵查大隊、智慧財產權偵查 大隊，分四十隊辦事。